System ZIP jest bezpieczny. Użytkownik powinien zastosować kilka zasad korzystając z niego: należy chronić swoje dane dostępowe (login i hasło), przechowywać w bezpiecznym miejscu, nie udostępniać ich osobom trzecim. Korzystanie z systemu jest bezpłatne. WOW NFZ nie poniósł żadnych kosztów w związku z wdrożeniem ZIP. Wykorzystał istniejącą już bazę danych i opracował system pozwalający na ich udostępnienie pacjentowi.